ในอดีตภารกิจด้านป่าไม้ ได้แก่ งานปลูกบำรุงป่า งานวนวัฒนวิจัย งานอุทยานแห่งชาติ งานด้านสัตว์ป่า งานต้นน้ำ และงานด้านป้องกันปราบปรามและไฟป่า ขึ้นตรงกับกรมป่าไม้ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (เดิมสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์) ต่อมาได้มีการเสนอให้แยกงานที่เกี่ยวกับป่าเศรษฐกิจและงานด้านอนุรักษ์และการคุ้มครองป่าไม้ออกจากกัน โดยให้งานทางด้านป่าเศรษฐกิจอยู่กับกรมป่าไม้ ส่วนงานด้านอนุรักษ์และการคุ้มครอง ให้ไปตั้งเป็นกรมขึ้นมาใหม่ และให้สังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ซึ่งเป็นกระทรวงใหม่

ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกา เล่มที่ 119 ตอนที่ 99ก. ลงวันที่ 2 ตุลาคม 2545 ให้จัดตั้งกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช ในสังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

ในวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2561 อธิบดีกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช มีคำสั่งให้ปิด อ่าวมาหยา เป็นเวลา 3 เดือน